Rodrigo, primeiramente bem vindo ao forum.
Na minha opinião, você deveria inicialmente defenir mais claramente o nÃvel de proteção que você desja para as informações, por exemplo: se você simplesmente não quer que algum usuário acesse as informações por fora do seu sistema, altere-as e depois você será considerado pelo erro ou, se as informações possuem um nÃvel de confidencialidade tão grande que que você precisa garantir que somente os usuários autorizados a ve-las, independente se via sistema ou não, terão acesso.
Para a primeira situação, migrar para um SGBD irá garantir alguma segurança, mas qualquer usuário que tenha a senha de acesso, poderá fazê-lo por meio de qualquer programa de query à base de dados, seja SQL, ORACLE, PostGres, ou qualquer outro.
Já na segunda situação, a única forma de você garantir, quase que 100%, é criptografar as informações dentro das tabelas e tratá-las de dentro da sua aplicação. Neste caso, tanto faz a utilização de DBF ou de algum SGBD, o que você precisa de um algorÃtmo efeiciente para a criptografia.
Se sua maior preocupação é a de não ser responsabilizado por inconsistencias nas informações dentro das tabelas, uma boa dica é explicitar no seu contrato de cessão de direito de uso (caso você seja um desenvolvedor) de que sua garantia é válida somente para a aplicação e não para as informações contidas nas tabelas, que por direito são de propriedade e responsabilidade do contratante.
Espero ter ajudado. Caso contrário, explique com mais detalhes sua necessidade e tentarei ajudá-lo.
Um abraço,
Wilson Teixeira
Infortrade Sistemas