1) não tem limite de mensagens
2) não use para mandar mensagens em massa se não enquadra como SPAM e perde a conta de Whatsapp no número vinculado
3) a API vc gera quantas instâncias precisar, ou seja, pra quantos números precisar, cada número ficará vinculado a uma porta do teu servidor onde vc instalar ela
4) Não tem nada a ver isso ai com a API, o chip não fica amarrado, vinculado a uma chipeira algo assim, não é uma tecnologia física, é totalmente software.
Pode ser usado pra enviar quantas mensagens quiser, pra todos os alunos, só tem q cuidar pra não incorrer em SPAM ou seja, cria uma fila de envio com intervalos de envios aleatórios entre as mensagens é uma sugestão.
Pra vc entender, imagine o Whatsapp WEB, conhece? é essa tecnologia encapsulada em uma instância, ou seja, cada instância q vc gera para um número gera um EXE rodando no Tray (processo do windows) q tem o Whatsapp WEB (a grosso modo falando) encapsulado onde vc vincula o número q quiser. Talvez assim fique mais fácil de entender.